Zakopane położone jest u stóp Tatr w tzw. Rowie Podtatrzańskim. Jest najwyżej położonym miastem w Polsce (najniższy punkt  Olcza ok. 750 m n.p.m., środkowe Krupówki ok. 840 m n.p.m., najwyższy punkt wierzchołek Świnicy 2301 m n.p.m.)  Ta miejska zabudowa, zwarta i willowa graniczy od północy ze wzgórzem Gubałówki, od południa z Tatrami, a dokładniej z  pasmem lesistych wzgórz wapiennych, zwanych reglami. Przez miasto przepływa kilka potoków, których ujściem jest rzeka Zakopianka – dopływ Dunajca Białego.
Od północnej strony z Zakopanem graniczą wsie: Nowe Bystre i Ząb, od wschodu Poronin i Murzasichle, a od zachodu Kościelisko. Południowym sąsiadem miasta jest Słowacja. Miasto należy do powiatu Tatrzańskiego (gmina Zakopane).